مطالعه پیوندهای هیدروژنی در زنجیره های پلی آلانین در نانوساختار آلفاهلیکس با بکارگیری نظریه تابعی چگالی

پایان نامه
چکیده

نظریه تابعی چگالی از جمله روش های مطالعه دستگاه های زیستی به شمار می آید. در این پایان نامه برآنیم که به مطالعه قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار پلی آلانین آلفاهلیکس با استفاده از کد محاسباتی wien2k بپردازیم. آلانین از جمله آمینواسیدهایی است که تمایل زیادی برای قرارگرفتن در ساختار آلفاهلیکس از خود نشان می دهد. ساختار آلفاهلیکس را به این دلیل انتخاب کرده ایم که می توان اثر برهم کنش پپتید-پپتید را بر قدرت پیوند هیدروژنی مطالعه کرد. پیوند هیدروژنی بدان لحاظ دارای اهمیت است که همیاری این پیوندها عامل اصلی پایداری ساختارهای دومین در بین ساختارهای پروتیینی است. از آنجا که تابعی pbe-gga قدرت پیوند و طول پیوند هیدروژنی را به خوبی توصیف می کند از این تابعی در انجام محاسبات استفاده می-کنیم. در ابتدا نگاهی مختصر به بانک داده پروتیینی خواهیم داشت و سپس به نحوه شبیه سازی ساختارهای پروتیینی می پردازیم. برای انجام محاسبات 10 ساختار پلی آلانین شامل 5 ساختار کاملا" کشیده و 5 ساختار آلفاهلیکس شبیه سازی می شوند. سپس به بهینه سازی خلا برای ساختارهایی با طول متناهی می پردازیم و در نهایت به محاسبه قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار پلی آلانین آلفاهلیکس با طول بی نهایت می پردازیم و چگالی بار الکترونی را برای پیوندهای هیدروژنی رسم می کنیم. نشان داده می شود که همیاری پیوندهای هیدروژنی باعث می شود که در یک ساختار آلفاهلیکس نامتناهی پیوندهای هیدروژنی تا حدود 2 برابر قویتر از تک پیوند هیدروژنی شود. همچنین نشان داده ایم که زنجیره های کوچک پپتید نمی توانند عامل پایداری یک ساختار پروتیینی باشند که این مطلب با نتایج تجربی در توافق است. چگالی بار الکترونی نیز نشان می دهد که پیوند هیدروژنی نتیجه قطبش ابر الکترونی از اتم هیدروژن به سمت اتم الکترونگاتیو اکسیژن است.

۱۵ صفحه ی اول

برای دانلود 15 صفحه اول باید عضویت طلایی داشته باشید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

بررسی اثر محلول بر طیف EPR ناشی از رادیکال‌های آلانین بر پایه نظریه تابعی چگالی

In this study, based on Density Functional Theory (DFT), the effect of solution on the g-tensor, hyperfine coupling constant of atoms and finally the EPR spectrum of alanine free radicals induced by ionizing radiation such as electron and gamma was investigated using implicit models such as COSMO, and explicit models such as introducing hydrogen bonds to the cluster structures. The obtained res...

متن کامل

محاسبه ثابت جفت‌شدگی ساختار ریز و تانسور g رادیکال‌های آلانین در دماهای مختلف بلور بر پایه نظریه تابعی چگالی

In this paper, Density Functional Theory (DFT) was utilized for the calculation of the hyperfine coupling constant and the g tensor alanine radicals at different crystal temperatures. The cluster approach was used for considering the effects of crystal environment. In the cluster approach, the careful selection of the cluster size is very important for the geometry structure of alanine and the ...

متن کامل

بررسی تکینگی PrBa2Cu3O7 در قالب نظریه تابعی چگالی

  In order to study some theories about nonsuperconductivity of PrBa2Cu3O7, based on the density functional theory and with APW+lo/LAPW method some calculations for PrBa2Cu3O7 (Pr123) and YBa2Cu3O7 (Y123) were performed. The LSDA+U approximation was used for Pr(4f) orbitals and the effect of changing UPr on the band structure, Pr(4f)-DOS, distribution of electrons on the planes and chains, and ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023